Na terenie gminy i w jej otoczeniu znajdują się 3 rezerwaty przyrody z wieloma gatunkami roślin i zwierząt podlegających ochronie. Są to rezerwaty: Mingos, Serafin oraz Tabory. Łączna ich powierzchnia wynosi 215,59 ha., co stanowi około 1% ogólnej powierzchni Gminy.
REZERWAT MINGOS
Rezerwat leśny Mingos o powierzchni 13,46 ha, położony w gminie Łyse, w Nadleśnictwie Lipniki, utworzony w 1971r. Rezerwat położony jest według regionalizacji przyrodniczo-leśnej w IV Krainie Mazowiecko-Podlaskiej w Dzielnicy Puszczy Kurpiowskiej. Głównym celem ochrony jest zachowanie dla potrzeb naukowych i dydaktycznych fragmentu boru sosnowego Puszczy Kurpiowskiej z naturalnym drzewostanem. Drzewostanem głównym jest sosna, stanowi ona zasadniczo pierwsze i drugie piętro. Jedynym typem siedliskowym lasu na terenie rezerwatu jest bór świeży. W warstwie krzewów licznie występuje jałowiec. W podszyciu występują m.in. konwalia, rokitnik i widłaki. Warstwę mszystą reprezentuje rokitnik pospolity, gajnik lśniący i widłoząb. Na obrzeżu lasu w sąsiedztwie drogi występują płaty zbiorowisk murawowych z rzadkimi gatunkami: przetacznik kłosowaty, łyszczec baldachogronowy, bodziszek czerwony. Występują gatunki chronione takie jak: widłaki, sasanka, arnika górska. W części północno-wschodniej, na powierzchni ok. 14 ha nie występuje podszyt, został zniszczony podczas pożaru. Pod względem fitosocjologicznym rezerwat stanowi zespół boru brusznicowego. Sosna odnawia się tu w sposób naturalny co stanowi rzadkie zjawisko. Gospodarowanie drzewostanem na tym obszarze było planowane od 1819 r. Obszar rezerwatu jak i Puszczy był miejscem pozyskiwania torfu i kory garbarskiej.
REZERWAT SERAFIN
W północno-wschodniej części Mazowsza, wśród lasów Puszczy Zielonej, położony jest rezerwat Torfowisko Serafin. Jest to rozległe bagno, w miejscu którego - jeszcze niedawno - znajdowało się polodowcowe jezioro. Na wielu mapach możemy znaleźć nazwę Jezioro Serafin, chociaż otwartego lustra wody już nie ma. Kilka tysięcy lat temu jezioro wypełniało cała nieckę, a jego brzegi dochodziły do wysokich wydm i wyniesień morenowych powstałych podczas ostatniego na tych terenach zlodowacenia. To płytkie jezioro z czasem wypełniało się namułami i torfami, które wypełniły całą nieckę. Jeszcze w okresie międzywojennym istniało lustro wody, a pływający kożuch roślinności wodnej w niektórych miejscach był cienki i chodzenie po nim było bardzo niebezpieczne. W ostatnich kilkudziesięciu latach w wyniku przeprowadzonych melioracji poziom wody znacznie się obniżył, co sprzyjało dalszemu, przyspieszonemu zarastaniu jeziora. Obecnie tzw. pływające pło, czyli powierzchniowa warstwa roślinności wodnej i bagiennej jest zwarta,
ale ugina się pod ciężarem człowieka. Pod nią znajduje się uwodniony torf i namuły. Wypełniona torfami dawna misa jeziorna jest płaska jak stół.
Powstałe tu dawno temu naturalne zbiorowiska roślinne zostały zamienione przez człowieka w łąki uprawne. Na wyniesieniach okalających łąki rozsiadły się lasy i osiedla ludzkie. Od południa - wciśnięta między torfowisko a lasy Puszczy Zielonej - znajduje się wieś Serafin. Od północy - także między niedawnym jeziorem a lasami - położone są nieliczne zabudowania wsi Pupkowizna, a od zachodu rozsiadły się na wyniesieniu - jak na grzędzie - zabudowania wsi Łyse kolonia Grzęda.
Rezerwat Torfowisko Serafin zajmuje 184,92 ha powierzchni. W większości jest to bagno traktowane - z gospodarczego punktu widzenia - jako nieużytek. Znaczną część powierzchni rezerwatu stanowią grunty prywatne, w większości mieszkańców wsi Serafin i Łyse. Około 30% powierzchni należy do Skarbu Państwa, a 4% do Nadleśnictwa Myszyniec.
Dokumentacja przyrodnicza rezerwatu została sporządzona w roku 1995, w roku następnym opracowano projekt ścieżki przyrodniczej, a w latach 1997-1998 zbudowano kładkę wchodzącą w głąb bagna, łącznie z tablicami informacyjnymi zawierającymi opisy roślin i zwierząt, wieżę widokową i parking.
Bardzo interesująca jest flora rezerwatu. Badania przeprowadzone w roku 1982 wykazały występowanie rzadkiego gatunku wierzby lapońskiej. W roku 1995 nie znaleziono jednak tego gatunku, który prawdopodobnie wyginął. Z roślin objętych ochroną gatunkową licznie występuje rosiczka okrągłolistna, storczyki - krwisty i plamisty - oraz kruszczyk błotny. Z gatunków rzadkich na uwagę zasługują: turzyca obła, dwupienna i bagienna, wełnianka delikatna, przęstka pospolita, nasięźrzał pospolity, kozłek dwupienny. Niektóre z wymienionych gatunków występują w rezerwacie licznie. Do ciekawostek florystycznych należy zaliczyć także dwa gatunki mchów reliktowych (pozostałości po epoce lodowcowej).
Dzięki bardzo wysokim walorom przyrodniczym, krajobrazowym i dydaktycznym, powstał pomysł zbudowania na terenie rezerwatu ścieżki przyrodniczej, która rozpoczyna się parkingiem z tablicą informacyjną przedstawiającą mapę rezerwatu z głównymi zbiorowiskami roślinnymi oraz rzadkimi i chronionymi gatunkami roślin i ptaków. Na skraju bagna zbudowano wieżę obserwacyjną z której rozciąga się widok na całą południową część rezerwatu (Obecnie po wieży pozostał jedynie plac - została ona rozebrane ze względów bezpieczeństwa). Od parkingu do ścieżki edukacyjnej prowadzi przez łąki otaczające rezerwat żwirowa ścieżka. Ze względu na trudno dostępny i niebezpieczny dla człowieka teren, na bagnie zbudowano drewnianą kładkę wchodzącą w głąb rezerwatu na kilkaset metrów. Na kładce znajduje się 30 tabliczek informacyjnych przytwierdzonych do barierek z kolorowymi zdjęciami, rysunkami i opisami najważniejszych zbiorowisk roślinnych, charakterystycznych dla tego torfowiska roślin i ptaków.
Zwiedzający rezerwat mogą zapoznać się z występującymi tuż przy kładce roślinami i zbiorowiskami. Rezerwat tętni życiem wiosna i o tej porze roku możemy zobaczyć tu i usłyszeć wiele gatunków zwierząt, szczególnie ptaków. Liczne są także ważki, świtezianki, motyle, chrząszcze, pająki i niestety także komary. W drugiej połowie lata i jesienią, większość ptaków opuszcza rezerwat odlatując na zimowiska. Pozostają ssaki, gady, płazy i niektóre zimujące tu ptaki - na przykład cietrzewie, kuropatwy, sroki, trznadle.
Rezerwat można zwiedzać poruszając się tylko po zbudowanej w tym celu kładce. Wchodzenie na pływające pło mszane jest niebezpieczne, gdyż pod wpływem ciężaru człowieka może ono ulec przerwaniu. Powoduje to także niszczenie roślin i płoszenie zwierząt.
REZERWAT TABORY
Rezerwat leśny o powierzchni 17,21 ha, położony w gminie Łyse ok. 2 km od wsi Popiołki na terenie Nadleśnictwa Nowogród, utworzony w 1974 roku. Głównym celem ochrony jest zachowanie boru sosnowo-świerkowego naturalnego pochodzenia na obszarze Puszczy Kurpiowskiej. Zachowały się tu sosny i świerki w wieku 160 - 180 lat. W drzewostanie dominuje sosna, ponadto występują : świerk, jałowiec, rzadziej brzoza, czasami dąb, kruszyna, jarzębina. W runie leśnym występują: borówki, wrzos, widłaki, sasanki i arniki. Zespół występujących ziół i mchów różnicuje obszar rezerwatu na dwie równe powierzchnie: jedną z przewagą wariantu chrobotkowego i drugą z przewagą wariantu czernicowego. Zespół wariantu chrobotkowego jest bardzo suchy i ubogi, charakterystyczny dla boru suchego, występuje głównie przy zachodniej granicy rezerwatu.
Według podziału przyrodniczo-leśnego rezerwat Tabory znajduje się w I Krainie Mazursko-Podlaskiej w Dzielnicy Równiny Mazurskiej. Zgodnie z podziałem geobotanicznym wg W. Szafera rezerwat mieści się w Dziale Północnym w Okręgu Kurpiowsko-Podlaskim na obszarze Zielonej Puszczy Kurpiowskiej. W skład powierzchni leśnej wchodzą drzewostany na powierzchni 15,63 ha oraz halizny i płazowizny na powierzchni 1,37 ha. Od strony zachodniej rezerwat graniczy z drzewostanem sosnowym IIa klasy wieku, od północy z drzewostanem sosnowym IIIa klasy wieku i młodnikiem olszowym. Od wschodu rezerwat graniczy z drzewostanem olszowym II - III klasy wieku, od południa z drzewostanem sosnowym IIIb klasy wieku. Obszar rezerwatu podzielony jest i opisany znakami oddziałowymi w postaci słupów granicznych, na których czarną olejną farbą na białym tle zapisano numery oddziałów. Powierzchnia terenu rezerwatu jest płaska o deniwelacjach od 0,5 do 1,0 m.